Como vemos claramente en el manuscrito de la derecha, fechado en el 15 de diciembre de 1586, la idea definitiva no fue que la capilla circular contígua a los enterramientos originales acabara siendo panteón familiar. Ésta es sólo una idea pasajera, explícitamente desechada por Felipe II, y retomada posteriormente por sus descendientes para que su descanso eterno tuviera lugar en una zona tan espléndida como sagrada, ya que debieron pensar que la pequeña bóveda de encima del Panteón no era digna para tan regias personas.

La primera cláusula del testamento del rey, fechado el 7 de abril de 1594 hacía alusión a esta disposición: "Y los bultos, postura y forma de nuestro enterramiento, quiero que se hagan por la orden que tengo dada para ello, y conforme a las trazas que están hechas al propósito [...] y si no se hallase acabada del todo cuando yo fallesciere, mando que mis testamentarios, que abaxo serán nombrados, la hagan acabar en perfección siguiendo las dichas trazas". El 23 de agosto de 1597, añadió en la 6ª cláusula de su codicilo: "las obras de Sant Lorenzo en todo lo principal están, a Dios gracias, acabadas". Como vemos, se inclumpió el testamento de Felipe II desde su primera cláusula. Y ello pese a que la idea del rey era, en palabras de Sigüenza, la de hacer unas modestas catacumbas. Pero, sobre todo, fue a costa de cambiar la voluntad literal del Emperador: se varió totalmente las orientaciones(69), ya que por el giro de 22,5° del octógono era imposible mantener las posiciones originales del coro y el altar. La mentalidad barroca no entendía las entradas acodadas propias de la arquitectura escurialense, que bajo una disposición simétrica de los espacios, organizaba las circulaciones por puntos situados fuera de los ejes, de manera semejante a laa circulaciones de la Alhambra. En el siglo XVII, el altar no podía concebirse en otro punto que frente a la puerta, ante la imposibilidad de rectificar la posición de ésta. Pero la disposición original de las tumbas estaba demasiado determinada en el sentido de la nave de la iglesia como para ser casual. Ante la dificultad de mantener los criterios canónicos de orientación, la colocación circular de los ataúdes debió parecer una solución a estos problemas, pese a que se quitaba al Emperador de su posición bajo el altar. Los arquitectos de los Austrias del siglo XVII actuaron con una «picardía» compositiva con la «desorientación» del giro del codo de bajada al Panteón, por lo que la impresión de los visitantes sigue siendo de un altar bajo el altar principal. Ello, al menos, debe ser calificada de irrespetuoso con la 1ª cláusula del Testamento de Felipe II, de 1594: "Las tumbas han de ser acabadas y colocadas lo más rápidamente posible, correspondiendo al emperador y su familia el mejor lugar [el lado del Evangelio]".

Manuscrito de las «Memorias» de Juan de San Jerónimo con la disposición de los ataúdes en la "Boueda de la yglessia principal debaxo del altar mayor". La cruz bajo el altar es el ataud de Carlos V, según marcó en su testamento. A sus lados, la emperatriz Dª María y Felipe II; enfrente los infantes, y relegado abajo a la derecha, don Juan de Austria..

También la cláusula 11ª obligaba a sus herederos a "observar y cumplir exactamente" el testamento. Visto que Felipe II sacó de la "iglesia redonda" los enterramientos para separar usos, pero manteniendo las celebraciones de las misas de difuntos, sus descendientes no tuvieron reparo en anular la función de la bóveda como capilla funeraria, cerrando sus pequeñas tribunas para favorecer la imagen y cantidad de dichos enterramientos, aún a costa de suprimir el significado simbólico de dicha capilla enterrada, el auténtico e inaccesible Sancta Sanctorum del Monasterio(70).

Además se separaron las dos familias que representan los cenotafios del altar. Para comprenderlo mejor, veamos el árbol genealógico de las familias del emperador Carlos y de su hijo Felipe II:

Conocemos el orden de los ataúdes en noviembre de 1586 -el año en que se terminaron el retablo y los oratorios reales- a través del esquema manuscrito de las Memorias de Juan de San Jerónimo, que dibujó de su propia mano (fig. 1), la bóveda intermedia bajo el Sagrario y el Altar Mayor(71):

1. Archiduque Wenceslao de Austria (1558-1578): sobrino de Felipe II y hermano de Ana de Austria. Felipe II había pensado en los hijos del emperador Maximiliano como sus posibles sucesores tras su boda con Ana, antes de tener un hijo varón.
2. Reina María de Hungría (1503-1564): hermana de Carlos V y regente de Flandes en vida de éste ()
3. Reina Leonor de Francia (1498-1558): hermana mayor de Carlos V y viuda de los reyes de Portugal y Francisco I de Francia ()

4. Emperatriz María de Austria (1528-1606): casada con Maximiliano II de Austria, hija de Carlos V, hermana de Felipe II y madre-suegra de Ana de Austria
5. Emperatriz Isabel de Portugal (1503-1539): prima y mujer de Carlos V, hija y hermana de reyes de Portugal. Muerta cuando su hijo Felipe tenía 12 años ()
6. Emperador Carlos V (1500-1558). La cruz indica la posición del altar ()

7. Rey Felipe II (1527-1598): hijo de Carlos V. Hermano de 4, 13 y 14
8. Reina Ana de Austria (1545-1580): cuarta mujer de Felipe II y sobrina suya. Hija del Emperador Maximiliano de Austria y María de Austria (primo y hermana de Felipe II), fue madre de Felipe III. Murió de gripe cuando acompañaba a su marido a Portugal, donde había de ser reconocido como rey.
9. Reina Isabel de Valois (1546-1568): tercera mujer de Felipe II, hija del rey Enrique II de Francia y Catalina de Médicis. Murió por su delicada salud meses después de Don Carlos, a quien le vincula la leyenda negra. ()

10. Princesa María de Portugal (1526-1545): primera mujer de Felipe mientras aún era príncipe. Hija del primer matrimonio de Catalina de Austria -hermana pequeña de Carlos V- con el rey Juan III de Portugal -hermano de la Emperatriz Isabel- por lo que era prima del rey por partida doble ()
11. Príncipe Don Carlos (1545-1568): hijo de Felipe II y María de Portugal, mientras aún eran príncipes ()

12. Don Juan de Austria (1547-1578): hijo natural de Carlos V

13. Infante Juan (1528-1528): hijo de Carlos V ()
14. Infante Fernando (1529-1530): hijo de Carlos V ()

15. Príncipe Fernando (1571-1578): hijo de Felipe II y Ana de Austria
16. Príncipe Diego (1575-1582): hijo de Felipe II y Ana de Austria
17. Infante Carlos Lorenzo (1573-1575): hijo de Felipe II y Ana de Austria
18. Infanta María (1580-1583): hija de Felipe II y Ana de Austria

Los marcados con una bolita () estaban en esta bóveda desde enero de 1574, fecha en que vimos se realizó la primera traslación de cuerpos reales al Monasterio. En este dibujo destaca la posición central de Carlos V, para respetar su deseo de quedar enterrado debajo del altar (marcado con una cruz). Felipe acató el deseo de su padre, aún a costa de truncar la correspondencia con la disposición simétrica de las estatuas de los Cenotafios situados junto al altar.

Las imágenes orantes, realizados por Pompeyo Leoni entre 1591 y 1599, aunque ya se habla de ellos diez años antes, tienen el mismo orden que los ataudes situados en la bóveda inferior:

Las estatuas de bronce del presbiterio: A la izquierda del altar, el Emperador Carlos V (6) y la Emperatriz Isabel de Portugal (5); detrás sus hermanas las reinas María de Hungría (4) y Leonor de Francia (3) y la emperatriz María (2). A la derecha, el rey Felipe II (7) junto a su sobrina -y cuarta mujer- la reina Ana de Austria(8), madre de Felipe III; detrás su primera esposa, María de Portugal (10), junto a su malogrado hijo Don Carlos (11), y la tercera, Isabel de Valois (9).

Ello queda suficientemente claro en las inscripciones grabadas en los mismos monumentos, según la transcripción del Padre Sigüenza, y que coincide con la disposición expresada en su testamento por Felipe II en 1582(72).

Esta disposición está basada en la que en 1574 ocupaban la cripta que estaba debajo del Altar Mayor de la Iglesia de Prestado(73), que daba servicio a la obra mientras se terminaba la Basílica, y que conocemos a través del manuscrito de las Memorias de Juan de San Jerónimo. Como en la solución definitiva, reproducida en el mismo texto, otra vez la tumba de Carlos V se sitúa bajo el altar, con la de la Emperatriz a un lado y el hueco para Felipe II al otro. Sólo hay siete ataúdes, por lo que don Juan de Austria queda relegado en el fondo (marcado con el número IX): I. Reina María de Hungría (2) - (espacio vacío, tal vez el Infante Carlos Lorenzo en 1575) II. Príncipe Don Carlos (11) III. Princesa María (10) IIII. Reina Isabel (9) V. Emperatriz Isabel (5) VI. Emperador Carlos (6) - (2 espacios vacíos previstos para Felipe II y Ana de Austria) VII. Reina Leonor de Francia (3) y detrás, marcados con VIII y IX: Infantes Fernando y Juan (14 y 13). Como vemos, son todos los cuerpos recibidos solemnemente en enero, sólo descartada la abuela de Felipe, Juana la Loca, que se llevó a la Capilla Real de Granada. Isabel de Valois (9) y el príncipe Carlos (11) ya estaban en el Monasterio desde su muerte, en 1568.