A continuación, destacaremos tres hechos perfectamente probados que, si bien ya han sido señalados de forma algo oscura por algunos autores como Iñiguez y Osten-Sacken, no se les ha atribuido la importancia real que pudieron tener en la génesis del Monasterio:

1. El Panteón de Reyes era originalmente una capilla palatina funeraria, a la que no tenían acceso libre los monjes, con una relación más directa con el Palacio Privado. Esta capilla, que fue trazada por Juan Bautista de Toledo bajo la capilla mayor, debió quedar prácticamente terminada en 1570.
2. El emplazamiento definitivo para los enterramientos reales previsto por Felipe II, y el que él mismo ocupó finalmente a su muerte, era una sencilla cripta situada justo entre las dos capillas, cuyo culto se realizaba a través de las estatuas orantes situadas a ambos lados del altar mayor.
3. Una tradición señala que en el Panteón sólo se enterraban reyes y madres de reyes, pero fue el mismo autor del Panteón, Felipe IV, el primero que rompió la regla, ya que enterró allí a sus dos esposas, aunque para ello separara a su abuelo Felipe II de sus otras mujeres.

Esta capilla debía estar muy avanzada el 19 de abril de 1566, ya que en el margen de una carta de Andrés Almaguer al secretario del rey Pedro de Hoyo, la obra está a punto de llegar al nivel de la cripta intermedia entre las dos capillas: "Creo que son hasta donde ha de començar la faxa y buelta de la boueda [los enterramientos reales de encima del Panteón], si es asi conbendra que a su tiempo lo vea Juan Bautista y de la orden de como se ha de proseguir"(13). Esta carta confirma plenamente la autoría de la traza del original Panteón y la cripta superior por Juan Bautista de Toledo. Dos años y medio después de la muerte del arquitecto, el contador Andrés de Almaguer comentaba al secretario Martín de Gaztelu los últimos trabajos en la capilla subterránea con fecha de 20 de enero de 1570: "La capilla baja de la iglesia se va cerrando y acompañando con la fábrica y la demás cantería que toca en esta partida, y se reciben las paredes del aposento de su magestad a toda furia". Ello puede hacernos pensar que durante ese año quedara acabada, o al menos a falta de los últimos remates(14). También sabemos por Villacastín que la cimentación fue terminada al menos dos años antes de que el 21 de mayo de 1574 se pusiera la primera piedra de la Basílica, ya que su obra duró siete años, "sin los cimientos, que ya estaban hechos dos años antes"(15).

Por otra parte, el joven Herrera no fue ascendido sino hasta 1569(16), año en que se le dio el oficio de ayuda de la furriera, pero sin mejora de sueldo ni nombrarle arquitecto. Hasta 1573 no se encargó de las trazas de la Basílica. Éstas habían sido consultadas con otros arquitectos, entre los que destacaban Alessi, Tribaldi y Palladio, lo que debe hacernos dudar de una intervención directa suya en un punto tan delicado del Monasterio. Tampoco aparecen referencias a la capilla subterránea en el informe solicitado a la Academia de Diseño de Florencia, en 1567, ni en las críticas de Paciotto al proyecto de la Basílica, dato importante que nos debería hace pensar en la inexactitud del pretendido descontento de Felipe II con su enterramiento. Todo parece indicar que no cabe atribuir a Herrera la realización de esta parte de la obra, y mucho menos de su traza.

Un plano publicado por López Serrano(17), conocido por «sección C», nos permite ver uno de las primeras propuestas del Panteón de Reyes en tiempos fundacionles, con la traza circular (no octogonal) de Toledo. Éste hizo un sencillo espacio abovedada con ocho pilastras revestidas de sillería, que, como puede verse en la Quinta estampa de Herrera, era una solución no muy diferente de la actual. El Padre Sigüenza se refiere al actual Panteón de Reyes nombrándolo como "una capilla redonda que está debajo de todo el suelo" donde se colocaban los ataúdes "sobre unos bancos de madera"(18), descripción en todo coincidente con la de Herrera(19). Éste la señala en su Quinto diseño con la letra C, que en el Sumario está descrita como "Capilla debaxo de tierra y de la Capilla y altar mayor" (fig. 2). Incluso conocemos, por una planta atribuida a Gómez de Mora con un proyecto de solado del Panteón, el estado del panteón anterior a la reforma del siglo XVII. Todavía se usaba el coro y había dos escaleras de subida al mismo, desapareciendo la de la derecha posteriormente. Tambien puede observarse la planta original de Juan Bautista con una única pilastra de granito, que coincide con la "quinta estampa", a la que se adosan las dos columnas corintias actuales.

Fig. 2: reproducción de la memoria del "quinto diseño" de Herrera, con la descripción de la partes de la sección del altar

Esta capilla, a semejanza de la Capilla Principal de la Basílica, estaba prevista para servir al rey desde sus propios aposentos, los que se previeron en la parte más fresca del monasterio, justo debajo de los habituales. Sin embargo, los dormitorios de verano nunca tuvieron demasiado uso debido al clima de El Escorial. Los ocho lunetos de su bóveda ocultan una ventana (lám. 6) prevista para ese fin. Hay otra igual en el lado opuesto para el aposento de la reina, otras dos ventanas para dejar pasar la luz desde el Patio de Mascarones, dos ciegas y dos más comunicados con el antiguo coro real, que luego se convertiría en Panteón de Infantes(20).

Lám. 6: habitación de Felipe II

Sección del Panteón en época fundacional según dejaron terminados Felipe II y Juan de Herrera. Dibujada a puntos, la sección actual. Obsérvese la semejanza entre los enterramientos originales (marcados con una B) con los de la Capilla Real de la Catedral de Granada. A. Altar B. Lugar de entierro de los cuerpos reales (sacristía baja, s. XVII; trasteros o "infiernos" en el s. XX) C. Capilla funeraria (Panteón de Reyes, s. XVII) D. Coro de la capilla (Panteón de Infantes, s. XVII) E. Sotacoro para los monjes (Pudridero, s. XVII) F. Sagrario G. Habitación de verano de Felipe II

Dibujada a puntos, las bóvedas de los "infiernos" según las Memorias de Juan de San Jerónimo. La planta del Panteón es la actual, aunque a puntos se dibuja la atribuida a Herrera redibujada por Gómez de Mora para un proyecto de solado del Panteón. Todavía se usaba el coro inferior y había dos escaleras de subida al mismo, desapareciendo la de la derecha posteriormente. El coro superior aún incluye los espacios abandonados del Panteón de Infantes. La cruz indica la que con toda seguridad era la primitiva posición del altar del panteón, bajo el ataúd de Carlos V. En la actualidad, está a la izquierda del altar del Templo, en la urna que queda a la izquierda, en la parte inferior del dibujo.

El Padre Sigüenza también nos da noticia de una carta del rey del 18 de octubre de 1568, en la que se comprueban las dificultades que tuvo la elección de lugar: primero se entierran bajo el altar de la iglesia de prestado del monasterio (fig. 3), en una bóveda cilíndrica del mismo largo que el futuro panteón pero mucho más baja y estrecha, de donde se trasladan al actual panteón, la bóveda semiesférica ubicada bajo el presbiterio, que entonces se denominaba «capilla mayor». En dicha carta, se ordena un nuevo traslado a la bóveda semicilíndrica situada bajo el altar de la iglesia, los actuales «infiernos», donde se colocaron sobre unos sencillos bancos de madera:

"El Rey. Venerables y devotos padres: [...] trasladen de donde ahora están a la bóveda debajo del altar mayor de la iglesia principal [los «infiernos»], que es el lugar que ahora mando señalar para su enterramiento, no obstante que (conforme a lo dispuesto por la escritura de fundación y dotación del que otorgué el 22 de abril del pasado año 1567) estaba ordenado que fuese bajo la bóveda de la capilla mayor [el Panteón] [...] y que se pongan en ella de la manera y por el orden que tenga dada"(21).

En efecto: una de las primeras ideas de Felipe II fue enterrarse directamente en la capilla de debajo del altar principal del Templo(22). Pese al caracter privado del Templo del Monasterio, detectado por algunos autores(23), que distinguen el uso del Sotacoro como Iglesia para el pueblo, el auténtico carácter «palatino» de la capilla subterránea, independiente del uso diario de los monjes, vendría marcado por la privacidad de los accesos: uno desde el Palacio Privado y otro desde la sacristía del convento (láms. 1 y 2). Esta capilla tenía el altar orientado al este(24), pegado a la columna, no como el actual, y estaba comunicada con una tribuna para la familia real, al estilo tradicional español:

"Tuvo Su Majestad al principio de esta fábrica intento de hacer un como cementerio de los antiguos, donde estuviesen los cuerpos reales sepultados y donde se les hiciesen los oficios y misas y vigilias, como en la primitiva Iglesia se solían hacer con los mártires, donde celebraban sus memorias, y donde, también por miedo a los príncipes paganos, se escondían los cristianos a los oficios y a sus sinaxis, y apages, misas y conventos, o Cofradías y Colectas santas, y así se hizo aquí debajo de tierra, y en los más hondos cimientos, una iglesia redonda con su capa o cúpula proporcionada, donde pudiese estar asentado el altar, y una tribuna, de donde se hiciese el oficio frontero del altar, y por los lados concavidades donde se pusiesen los ataúdes [...] Bajaban aquí desde el altar mayor de la iglesia principal por dos caracoles secretos, y sin éstos, otras dos escaleras claras y llanas, que responden la una, al convento y sacristía, y la otra al Convento Real"(25).

Láms. 1 y 2: Antigua escalera de acceso al Panteón de Infantes desde la Basílica. En el siglo XVII se condenó con una bóveda semiesférica enyesada, donde aún pueden leerse las órdenes de los maestros de obra. Los escalones desaparecen abruptamente en el décimo, para no cerrar la bella puerta y aliviar la sensación de ahogo (fotos del autor).

El jerónimo explica el porqué de este cambio, que como acabamos de ver es consecuencia directa de un orden real: al rey no le gustó que las tumbas fuesen visitables, por lo que les buscó un lugar cercano a la capilla, pero con mayor «intimidad»(26). Más adelante, también especifica Sigüenza la disposición de los ataúdes en la catacumba: el Emperador estaba en medio, justo "debajo de donde el sacerdote que celebra tiene los pies"(27), quedando la Emperatriz al lado del Evangelio y Felipe II al de la Epístola, y el resto de las personas reales, incluidos don Carlos y Juan de Austria, repartidas por las tres naves abovedadas. La Historia de fray Jerónimo de Sepúlveda, el «Tuerto», ya lo denomina iglesia y Panteón. Esta crónica singular es una demostración palpable de que la primera idea de enterrarse en la capilla fue primero considerada y luego desechada por "estar muy a tras mano" y por su ambiente "húmedo y por lo mesmo muy enfermo", y para imitar el testamento del Emperador ya "que el sacerdote que dice la misa, estando en medio del altar tiene los pies sobre la caja donde está enterrado el gran Filipo segundo"(28). La cripta quedaba alejada de las humedades subterráneas, ya que está una planta por encima del nivel del Patio de Mascarones.

Las Memorias de Villacastín también especifican que en 1574 los ataúdes se guardaban en la "bóveda questá debajo del altar mayor"(29). El Padre Sigüenza alababa el sencillo y noble acabado en piedra de la bóveda, refiriéndose a ella repetidas veces como "la capilla o iglesia pequeña", lo que nos lleva a pensar, sin ninguna duda, que esta capilla estaba totalmente acabada: "[...] una arquitectura de piedra labrada, harto capaz y de mucha grandeza y nobleza para este efecto"(30). Análogos comentarios se encuentran en la crónica de Cabrera de Córdoba, que especifica además que los ataúdes de madera estaban forrados de mármol jaspeado(31). Todavía en época del Padre Santos, con el Panteón de Reyes ya construido, se le llamaba "Capilla Real"(32), denominación que aún se conservaba en el siglo siguiente en la crónica de Ximénez(33). Aún en el reinado de Fernando VII, la iglesia subterránea nunca perdió su carácter de capilla funeraria «palatina», función que conserva en la actualidad para ocasiones especiales, como puede verse en un grabado del Panteón Real de Fernando Brambilla, pintor de cámara del borbón y Maestro de Perspectiva en la Real Academia de San Fernando.