Sección por el Panteón según el "quinto diseño" de Herrera
Herrera también señala en su Sumario como la capilla tenía un "Choro alto y baxo de la capilla C", marcadas con la D y la E (42). El Padre Sigüenza llamaba al coro alto tribuna, por lo que, dados los antecedentes en la iglesias jerónimas, pudo estar destinada a la familia real.
El uso del coro inferior, situado bajo los escalones de subida al Presbiterio (lám. 5), queda muy claro en la Carta de Fundación del 22 de abril de 1567, donde se especifica que serviría para los responsos, rezos o cantos litúrgicos en honor de los difuntos(43). Esta idea se confirma en una carta del rey a Hoyo de la época fundacional: "[...] si queremos que en los responsos, que se hubieren de decir en las vísperas [...] los ministros del altar se pongan debajo de las gradas, o detrás de la tumba, si la hubiere de haber"(44).
Lám. 4: Antiguo Panteón de Infantes del siglo XVII, construido sobre el "choro alto" (D). El estuco, la madera dorada y el fresco de encima de las tumbas en su parte superior están en muy mal estado. Todavía pueden verse las "huellas" de los lunetos que lo comunicaban con la Capilla cuando era el "choro alto" para la familia real (en la primera fila de nichos empezando por abajo).
Lám. 5: sotacoro o "choro baxo" (E), donde los monjes cantaban sus honras fúnebres cuanto el Panteón era una capilla funeraria, en época fundacional. Mientras Herrera llamaba en 1589 a los dos espacios abovedados como "choro alto y baxo de la capilla C", Ximénez en 1764 los señalaba como "Pantheon d. Infantes y boveda donde se depositan" y "Hueco d. la escalera del Panteón. Los agujeros que se han roto a aproximadamente un metro de altura corresponden al cierre de los pasos entre el coro y la capilla subterráneos.
Por una escalera de caracol (originalmente eran dos, como en el proyecto de Machuca en Granada, pero se cerró una con la obra del actual acceso al Panteón) se accedía a este balcón principal para la familia real y a un sotacoro más bajo para un número reducido de frailes (lám. 4). Estas escaleras de caracol están recogidas también en un dibujo a pluma atribuido a Gómez de Mora, con un proyecto de solado del Panteón, que posiblemente fue realizada sobre un original de Herrera. Todavía se usaba el coro y había dos escaleras de subida al mismo.
También puede observarse la planta original de Juan Bautista con una única pilastra de granito, que coincide con la representada en la Quinta Estampa, a la que se adosaron las dos columnas corintias actuales, lo que de paso sirvió para hacer más profundo el espacio para los ataúdes.